如果硬件方面区别不大，则软件就成为判定全自动酶标仪优劣的惟一指标。对于用户来说，好的软件功能，对实际工作会有较大的帮助。ELISA定性测定，酶标仪如具有阳性判断值(cut-off)及其测定“灰区”(即指测定吸光度处于cut-off周围的一定区域，此区域内结果应为“可疑”)的统计计算功能，不但方便了实验室工作人员，而且在某些特定的情况下，有很高的实用价值。

如血站实验室为筛检献血员血进行HBsAg、抗HCV和抗HIV等的ELISA测定时，常会遇到测定吸光度处于cut-off附近但又低于cut-off的血，按照试剂盒的标准，可判为阴性，血为合格血，可用于患者输血，但直觉告诉我们，这样的血如输给患者，导致输血后相应疾病发生的可能性较大，这是由ELISA现有的测定技术的不确定性所造成的，也就是ELISA测定的“灰区”的存在使得ELISA测定试剂盒cut-off的设定只是相对的准确，此时的假阳性和假阴性出现的可能性较低。

因此，在血站筛检献血员血时，如以测定“灰区”的下限作为判断献血员血筛检不合格标准，就可以避免因“灰区”所致结果判断错误而引起输血后疾病发生的可能性。全自动酶标仪合适的软件功能对于ELISA定量测定同样很重要。有研究表明，四参数方程能较好地反映免疫测定的剂量反应曲线，为适合于定量酶免疫测定的曲线拟合。因此，如目的是定量测定，则在酶标仪的软件功能中，要有这种曲线回归方程计算分析功能。其他诸如连点、直线等回归计算，则可根据全自动酶标仪的应用目的而定，如兼用于微量生化测定，则此类回归计算就很有必要。